2003年，学院党委高瞻远瞩，根据社会经济发展对人才的需求和职业教育发展的前景，在充分调研、广泛论证的基础上，认真谋划学院发展蓝图，积极酝酿兴办高职院校，提升办学水平与实力。同年4月，省政府正式批复，湖南省安江农业学院与怀化机电工程学院合并升格为怀化职业技术学院，学院从此迈上了高职办学的发展之路。2005年，学院分两个校区独立核算，实行“一院两区、独立运作”的模式。经过一段时间的实践，分校区办学成本较高、教育资源浪费、工作效率低下等弊端充分显现。学院党委及时总结经验教训，果断作出“三合五统”、两校区进行实质性合并的重大决策，实现了班子、财务、人事、教学的全面统一，使学院步入稳步发展的轨道。2008年和2014年学院积极投身教育部高职高专人才培养水平评估分别荣获优秀和合格等次，2013立项湖南省示范性（骨干）高职院校建设，2016年顺利通过验收，不断提质升级，走质量效益型发展之路。这些建校办学的重大举措，与时俱进，大胆决策，确保学院驶入正确航向，开启二次创业的征程。